חומצת אמינו וחלבונים ביוכימיה

ביוכימיה - חומצת אמינו ופפטידים חלבונים

רוב החלבונים המורכבים מפולימר ליניארי בנויים מסדרה של עד 20 חומצות L-α-אמינו שונים. כל חומצות אמינו proteinogenic יש תכונות מבניות משותפות, לרבות α-פחמן שלקבוצת אמינו,

קבוצת קרבוקסיל (carboxyl), וצד שרשרת משתנה מודבקים. רק חומצת האמינו פרולין שונה מהמבנה הבסיסי הזה מכילה טבעת יוצאת דופן לקבוצת האמין N-הסוף, דבר המאלץ את מחצית אמיד CO-NH לקונפורמציה קבועה.

רשתות בצד של חומצות אמינו סטנדרטיים, יש מגוון גדול של מבנים כימיים ותכונות; לרבות ההשפעה המשולבת של כל הרשתות בצד חומצת אמינו בחלבון שסופו של דבר קובע המבנה תלת ממדית שלו והתגובה הכימית שלו.

חומצות אמינו בשרשרת פוליפפטיד מקושרות ע"י קשרים פפטידיים. ברגע שמקושר בשרשרת החלבון, חומצות אמינו בודדות נקראות שאריות, והסדרה הצמודות של פחמן, חנקן, ואטומי חמצן ידועות כמו השרשרת הראשית או עמוד השדרה חלבון.

ישנו הקשר פפטידי בשתי צורות תהודה שתורמות כמה פעמיים אג"ח אופי ולעכב סיבוב סביב הציר שלה, כך שפחמנים אלפא הם בערך באותו מישור. שתי זוויות dihedral האחרות באג"ח פפטיד לקבוע את הצורה המקומית שנטלה על עמוד השדרה החלבון.

חלבונים חלבון פוליפפטיד, ופפטיד קצרים יותר משמשים בדרך כלל בהתייחס למולקולה הביולוגית המלאה בקונפורמציה יציבה, ואילו פפטיד שמורות בדרך כלל לאוליגומרים (oligomers), פוליפפטיד יכול להתייחס לכל שרשרת ליניארית יחידה של חומצות אמינו, בדרך כלל ללא קשר לאורך, אך לעתים קרובות מרמז העדר קונפורמציה מוגדרת.
מאת דיאטה